原发性肝癌的诊断分为病理学诊断和临床诊断。病理学诊断是依靠手术切除的肝脏肿瘤或通过肝脏穿刺得到的肝脏组织做病理切片，证实为原发性肝癌，这是诊断原发性肝癌最准确的标准，也是诊断肝癌的金标准。
医院就诊时，很多患者只是疑似病例，所以一般要依靠的是临床诊断，临床诊断包括：
病史及临床表现。有乙肝、丙肝病毒感染史，特别是乙肝病毒表面抗原阳性者；长期嗜酒史；有肝硬化、血色病、长期胆管炎症病史；某些遗传性疾病或家族中是否有人患过肝癌等……
中年以上，尤其是有肝病史的患者，出现不明原因的肝区疼痛，上腹饱胀，食欲下降，消瘦、乏力、低热等，应该高度警惕。如果患者进行性肝大，甚至摸到肝区有肿块或结节，质硬有压痛的，医院进行进一步检查。
实验室检查。
AFP（甲胎蛋白）及AFP异质体（AFP-RL）。甲胎蛋白AFP是肝癌特异性标志物，至今仍未发现诊断价值超过AFP的新肿瘤标志物，但是AFP的阳性率仅为60%-70%。
近年来，基础研究表明，不同病变的组织细胞在合成、分泌AFP的过程中，由于细胞特性以及所处的生理和病理状态不同。各种N-糖链加工酶的活力也各不相同，导致合成AFP糖链结构具有不均一性，这些不同糖链结构的AFP称为AFP的异质体。
AFP异质体检测具有良好的临床意义，尤其对于AFP在30-ng/ml之间者具有较高的诊断价值。AFP升高的肝硬化患者，在肝癌诊断前1-3年可出现AFP-RL百分比含量的升高，以及在影像学诊断肝癌前3到10个月就可以有AFP-RL百分比含量的升高。
异常凝血酶原（DCP）。有助于AFP阴性肝癌的诊断，DCP的正常值为3.02us/L,肝癌者80%6us/L,但继发性肝癌则为54.5%6VGHu/L。DCP对早期肝癌诊断不够理想，临床上一般用于与AFP联合检测，提高诊断正确性。
此外，具有鉴别诊断价值的癌胚抗原CEA与糖类抗原CA也是实验检查中必须检查的项目。CEA阳性多有可能是胃肠道癌肿肝转移，而CA阳性往往与肝内胆管细胞癌、胆囊癌、胰腺癌有关。
在实验室检查中，除了上述这些检查项目，可能还需要检查各种血清酶，如谷氨酰转肽酶及其同工酶、醛缩酶同工酶、岩藻糖苷酶、抗胰蛋白酶、碱性磷酸同工酶等；还有肝功能检查及乙肝、丙肝、丁肝病毒肝炎抗原抗体系统。
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